食药用菌同众多的农产品一样都有着各自的最佳成熟期，如采收过早或过晚都会直接影响其产品的品质和产量，因此，适时地科学采收食药菌品，对于提高其经济效益起着至关重要的作用。下面就将黑木耳、灵芝、猴头菌的科学采收与加工方法分别介绍如下，供您在生产中参考、选用。
一、黑木耳
正常管理30天左右，耳片已充分展开，达到生理成熟，即可采收。采收时要将一个菌袋上的所有木耳一次性全部采下，采下的木耳将根部清理干净后，可摊放于架起的沙网或草帘上晾晒至干。第一茬采收后气温如还在20~C左右，可按第一次的管理方法管理，可望采收第二茬。
二、灵芝
灵芝菌柄长出袋口，条件适宜时，很快形成菌盖。灵芝子实体生长初为白色，后变为黄色，经过2个月－3个月就为紫色、褐色或红色。当菌盖边缘不再生长(边缘无淡黄色圈)时，菌盖下端子实层内长出棕红色孢子时，子实体己成熟，即可采收。采收前应注意收集子实体放出的孢子，以便生产孢子粉。采收时手捏菌柄，轻轻拧下，然后剪去菌柄下端带有培养基的部分，及时烘干或晒干。
三、猴头菌
(一)采收
当猴头子实体长满刺毛，开始弹射孢子时，要及时采收，过迟会使子实体有苦味。采收的方法，用弯形利刀从柄基割下即可。采割时，菌脚不宜留得过长，太长易于感染杂菌，而且也影响第二茬猴头菌的生长。但也不能损伤菌料，一般留菌脚lcm左右为宜。
(二)加工
采收的猴头菌，可以鲜销，也可晒干、烘干或盐渍贮存。
1.晒干将采收的鲜猴头菌，切去菌蒂部分，排放于竹帘上，置烈日下曝晒，先将切面朝上晒一天后，再翻转过来晾晒至干。
2.烘干将采收的鲜猴头菌，风干1天－2天后，按大小分别烘烤。烘烤温度从40℃渐提高到60℃，直至烘干。干品含水量为10％－13％，并要求保持菌刺完整，待冷却及时分装于塑料袋密封保藏。
3.盐渍将采收的新鲜猴头菌，切去有苦味的菌柄，用清水漂洗，除去灰尘，放入0.1％柠檬酸水中煮沸10分钟，捞出再放入清水中冷却。淋水后，加入25％(按猴头重量)的精盐，层层加盐，储于池中或包装桶中，7天时倒入池或桶中一次并加足饱和盐水(即每50公斤水17.5公斤盐，熬开后冷却为饱和盐水)，并有1cm－2cm厚盐封口。